أُسس معبد دوميوجي عام ٥٩٤ (السنة الثانية من عهد الإمبراطور سويكو) على يد حاجي نو موراجي ياشيما ليكون معبدًا لعشيرته. ويُقال إن التمثال الرئيسي، بوديساتفا كانون ذو الأحد عشر رأسًا، وهو الكنز الوطني، نحته سوغاوارا نو ميتشيزاني يدويًا أثناء إقامته في المعبد. وفي عام ٩٠١ (السنة الأولى من عصر إنجي)، زار ميتشيزاني المعبد بعد تخفيض رتبته إلى دازايفو، وودّع عمته كاكوجوني، التي كانت رئيسة كهنة المعبد. ويُصوَّر هذا الحدث التاريخي في مسرحيتي بونراكو وكابوكي "سوغاوارا دينجو تيناراي كاغامي". دقيق دوميوجي، وهو مكون مشهور في ساكورا موتشي (كعكات أرز زهر الكرز)، نشأ بعد تخفيض رتبة ميتشيزاني إلى دازايفو، عندما كانت كاكوجوني تجفف وتخزن بقايا القرابين اليومية التي كانت تقدمها للمعبد لتشاركها مع الكثيرين. بعد وفاة ميتشيزاني، تغير اسم المعبد إلى "دوميوجي"، تيمّنًا باسمه المستعار "دوميو".