التاريخ الدقيق لتأسيسه غير واضح، ولكنه ضريح قديم يُقال إن الإمبراطور جيمو قد بناه هنا، داعيًا لنجاح حملته شرقًا. في السنة الثانية من حكم الإمبراطور تشواي (200)، عندما زارت الإمبراطورة جينغو المنطقة، تدفقت مياه صافية فجأة. سُرّت الإمبراطورة بذلك وجعلته نبعًا مقدسًا، ولذلك سُمّيت المنطقة "إيزومي". ويُقال أيضًا إن تويوتومي هيديوشي نقل مياه مياه إيزومي الصافية إلى قلعة أوساكا واستخدمها في حفل الشاي. في السنة الثانية من حكم الريكي (716)، عندما تأسست إيزومي نو جين وأصبحت المنطقة مركزًا للسياسة المحلية، بُني ضريح إيزومي كوني سوشا بجوار ضريح إيزومي إينو، ليخلّد أضرحة إيزومي الخمسة (الآلهة الخمسة العظيمة: أوتوري، إيزومياناشي، هيجيري، تسوميكاوا، وهينوني). إلى الشمال من القاعة الرئيسية لضريح إيزومي إينوي، يبقى مبنى الضريح الرئيسي لغوشا سوشا، والذي أعيد بناؤه على يد تويوتومي هيديوري في عام 1605، وهو مصنف كممتلكات ثقافية مهمة لليابان.