يعود تاريخ ضريح كاراكوني إلى عهد الإمبراطور يورياكو (أواخر القرن الخامس)، عندما كرّس مونونوبي نو مي نو أوموراجي إلهه القديم، نيجيهاياهي نو ميكوتو. لاحقًا، تولى أحد أفراد عائلته، مونونوبي نو كاراكوني نو موراجي، حماية ضريح كاراكوني، وأصبح يُعرف باسم "ضريح كاراكوني". خلال فترة موروماتشي، تبرع هاتاكياما موتوكوني، حارس كاواتشي، بمئتي كوكو وكرّس إله كاسوجا من ضريح كاسوجا تايشا في نارا. لاحقًا، في عهد أودا نوبوناغا، احترق الضريح في إحدى الحروب، وفي عام ١٩٠٨ (ميجي ٤١)، دُفن ضريح ناغانو القريب هناك أيضًا. نتيجةً لذلك، تُقدّس الآلهة الثلاثة هناك: نيجيهاياهي-نو-ميكوتو، سلف عشيرة مونونوبي، وإلهي كاسوجا أمينو-كويان-نو-ميكوتو وسوسانو-نو-ميكوتو. الطريق الطويل المؤدي إلى الضريح مغطى بالأشجار، وقد أُدرج ضمن "أفضل 100 موقع أخضر" في المحافظة.