شُيّد معبد سينشوجي على أنقاض قلعة أياي، التي كانت قائمةً في مدينة تاكايشي. عندما احترقت قلعة أياي خلال فترة سينغوكو، هرب أحد الخدم من المعبد حاملاً تمثال أميدا بوذا على ظهره. حاصره الأعداء، فألقى بنفسه في خندق القلعة مع تمثال أميدا بوذا ومات. بعد ذلك بفترة، اكتشف الكاهن جينيو، بناءً على وحيٍ في المنام، تمثال أميدا بوذا في خندق القلعة. فقام بدفنه وبنى معبدًا على أنقاض القلعة. تحمل أختام القلعة المباعة اسم المعبد، مما يجعلها نادرة.