في عام ١٥٩٦، بنى كيونيو، رئيس الكهنة الثاني عشر لمعبد هونغانجي، معبد أوتاني هونغانجي في واتانابي، وفي عام ١٥٩٨، نُقل إلى موقعه الحالي. كان المعبد الرئيسي لفرع أوتاني من بوذية شينشو حتى بُني معبد هيغاشي هونغانجي في كيوتو عام ١٥٩٤. دُمر المعبد في حريق عام ١٩٤٥، وأُعيد بناؤه عام ١٩٦١. يوجد نصب تذكاري على أرض المعبد نُقشت عليه قصيدة ماتسو باشو الأخيرة. وهو، إلى جانب معبد تسومورا بيتسوين (معبد فرعي من كيتاميدو ونيشي هونغانجي)، أصل اسم ميدوسوجي.