本馆前身为昭和6年（1931年）竣工的待兼山修学馆，于平成19年（2007年）8月重新装修并对外开放。本博物馆的理念是“交流型博物馆”，致力于通过交流展示大学研究及传统是如何与社会相关联的。馆内现展示有约600件学术标本资料，其中最值得一看的是世界最大级别的“鳄鱼化石”。这条鳄鱼生活在约50万年前的大阪，是从大学的校内建筑现场挖掘出来的。2楼展示了大阪大学的起源——“怀德堂”及“适塾”的相关资料。怀德堂由江户时代的市民创立，为将大阪的文化普及给普通大阪市民起到了重要作用。适塾则由绪方洪庵设立，以福泽谕吉为首的年轻人曾在这里学习，并开创了日本近代文化的黎明时期。此外，馆内还展示了昭和14年（1939年）开发的第一台国产电子显微镜，并用立体模型展现了本校使用X光解析出的国内首个蛋白质结构。这些展示证明了大阪大学在光学电子研究方面走在时代的前沿。此外，学校还保存了超过160万件学术标本资料，预计将以考究的展示方法逐步公开。