El jardín se fundó en 1950 como centro de investigación adscrito a la Facultad de Ciencia y Tecnología de la Universidad de la Ciudad de Osaka y, desde entonces, se ha dedicado a recolectar y preservar numerosas plantas como objeto de investigación botánica básica. En particular, se ha centrado en la recolección de árboles autóctonos de Japón, la plantación de más de 300 especies que pueden crecer al aire libre y la restauración de 11 tipos de bosque representativos de Japón. El jardín también está restaurando bosques neógenos, caracterizados por las metasequoias. Muchos de estos tipos de bosque se encontraban antiguamente en Osaka. Mediante la observación del desarrollo a largo plazo de estos bosques restaurados, el jardín busca dilucidar empíricamente la relación entre el cambio ambiental y la vegetación.