Se dice que fue construido durante el reinado de la emperatriz Suiko (593-628) en Shigino, ahora parte del distrito Joto de la ciudad de Osaka. El nombre de la montaña, Shigisan, proviene de la zona, y el nombre del templo, Hoanji, proviene del koan (oración para difundir el budismo) dedicado al templo. Originalmente fue el templo santuario del Santuario Ikukunitama, pero después de la construcción del castillo de Hideyoshi, se trasladó a la ubicación actual del Santuario Ikukunitama. El shogunato Tokugawa otorgó al templo 300 koku de tierra para el templo. Desde entonces, los sucesivos señores del castillo de Osaka han sido profundamente devotos de Hoanji. Sin embargo, durante la Restauración Meiji, el templo perdió su terreno debido al movimiento antibudista. El sacerdote principal del templo, Tatsue, lo reconstruyó en su ubicación actual en 1879. Sin embargo, fue trágicamente destruido por un nuevo incendio durante un bombardeo masivo en marzo de 1945, reduciendo el edificio a cenizas. Afortunadamente, las estatuas de Shokannon y Kangiten sobrevivieron al incendio, y el sacerdote principal de Hoanji, Tatsue, las reconstruyó, y aún se conservan.