El museo reabrió sus puertas en agosto de 2007, ocupando el edificio Machikaneyama Shugakukan, finalizado en 1931. El concepto del museo es un "museo interactivo", que muestra cómo la investigación y las tradiciones de la universidad se vinculan con la sociedad a través del intercambio. Actualmente, se exhiben aproximadamente 600 especímenes académicos, entre los que destaca uno de los fósiles de cocodrilo más grandes del mundo. Este cocodrilo, que vivió en Osaka hace aproximadamente 500.000 años, fue excavado en una obra de construcción del campus universitario. La segunda planta exhibe materiales relacionados con las raíces de la universidad, Kaitokudo y Tekijuku. Kaitokudo fue fundado por ciudadanos durante el período Edo y desempeñó un papel clave en la difusión de la cultura académica de Osaka al público general. Tekijuku fue fundado por Ogata Koan, y muchos jóvenes, incluido Fukuzawa Yukichi, estudiaron aquí, quienes posteriormente darían forma a los albores de la cultura japonesa moderna. También se exhiben el primer microscopio electrónico de fabricación nacional, desarrollado en 1939, y el primer modelo tridimensional de la estructura de una proteína en Japón, realizado por una universidad mediante rayos X. Estas piezas demuestran que la Universidad de Osaka estuvo a la vanguardia de la investigación sobre la luz y los electrones. Otras universidades conservan más de 1,6 millones de especímenes académicos, y se están desarrollando planes para abrirlos gradualmente al público, a la vez que se idean nuevas formas de exhibirlos.