El museo, renovado y reabierto en agosto de 2007, utiliza el Salón de Estudios Machikaneyama, terminado en 1931. Su concepto es el de un "museo interactivo", que comunica cómo la investigación y las tradiciones de la universidad se vinculan con la sociedad a través de la interacción. Actualmente, se exhiben aproximadamente 600 especímenes y materiales académicos, entre los que destaca uno de los fósiles de cocodrilo más grandes del mundo. Este fósil vivió en Osaka hace unos 420.000 años y fue desenterrado en el sitio de construcción del campus universitario. En el segundo piso, se exhiben materiales relacionados con "Kaitokudo" y "Tekijuku", los orígenes de la universidad. Kaitokudo fue fundado por los habitantes de la ciudad durante el período Edo y desempeñó un papel fundamental en el establecimiento de la base académica de Osaka entre el público en general. Tekijuku fue fundado por Ogata Koan, y allí estudiaron jóvenes que forjaron los albores de la cultura japonesa moderna, como Fukuzawa Yukichi. Además, el museo exhibe el primer microscopio electrónico de fabricación nacional, desarrollado en 1939, y un modelo tridimensional de la primera estructura proteica de Japón, creado por la universidad mediante rayos X. Estas piezas demuestran que la Universidad de Osaka estuvo a la vanguardia de la investigación en luz y electrónica. Otras universidades también conservan más de 1,6 millones de especímenes y materiales académicos, y planean ponerlos gradualmente a disposición del público, con métodos de exhibición innovadores y otras características.