La historia del Santuario Ono se remonta a antes de Cristo, y también se le conoce como Otakebi no Miya. Se dice que comenzó cuando el espíritu de Itsuse no Mikoto fue consagrado en Hamamiya. Posteriormente, se trasladó a su ubicación actual en el año 859(el primer año de la era Jogan). El santuario figuraba anteriormente en el Engishiki, y en los alrededores del cercano estanque Futagoike se encuentran las ruinas de Otokozato, lo que sugiere que antiguamente la gente habitaba una zona bastante extensa. Hamamiya es actualmente un santuario subsidiario del Santuario Ono.