Créé en 1950 comme centre de recherche rattaché à la Faculté des Sciences et Technologies de l'Université municipale d'Osaka, le jardin botanique s'est depuis lors consacré à la collecte et à la préservation de nombreuses plantes destinées à la recherche botanique fondamentale. Il s'est notamment attaché à collecter des arbres indigènes du Japon, à planter plus de 300 espèces adaptées à la culture en extérieur et à restaurer 11 types de forêts représentatifs du pays. Le jardin restaure également des forêts néogènes, caractérisées par le métaséquoia. Nombre de ces types de forêts étaient autrefois présents à Osaka. En observant l'évolution à long terme de ces forêts restaurées, le jardin vise à élucider empiriquement la relation entre les changements environnementaux et la végétation.