Le temple Domyoji fut fondé en 594 (la deuxième année du règne de l'empereur Suiko) par Haji no Muraji Yashima comme temple clanique. La légende raconte que l'image principale, le bodhisattva Kannon à onze têtes, trésor national, fut sculptée à la main par Sugawara no Michizane lors de son séjour au temple. En 901 (la première année de l'ère Engi), Michizane visita le temple après sa rétrogradation au rang de Dazaifu et fit ses adieux à sa tante, Kakujuni, qui officiait comme grande prêtresse. Cet événement historique est relaté dans les pièces de Bunraku et de Kabuki « Sugawara Denju Tenarai Kagami ». La farine de Domyoji, ingrédient renommé du sakura mochi (gâteaux de riz aux fleurs de cerisier), fut créée après la rétrogradation de Michizane, lorsque Kakujuni fit sécher et conserva les restes des offrandes quotidiennes qu'elle faisait au temple afin de les partager avec la population. Après la mort de Michizane, le nom du temple fut changé en « Domyoji », d'après son nom de plume, « Domyo ».