On dit que le temple fut construit sous le règne de l'impératrice Suiko (593-628) à Shigino, aujourd'hui intégré à l'arrondissement de Joto à Osaka. Le nom de la montagne, Shigisan, provient de la région, et celui du temple, Hoanji, est tiré du koan (prière pour la propagation du bouddhisme) qui lui est dédié. À l'origine, il était rattaché au sanctuaire Ikukunitama, mais après la construction du château d'Hideyoshi, le temple fut déplacé à son emplacement actuel. Le shogunat Tokugawa lui octroya 300 koku de terrain, et les seigneurs successifs du château d'Osaka vénérèrent Hoanji avec ferveur depuis lors. Cependant, lors de la restauration de Meiji, le temple perdit ses terres en raison du mouvement anti-bouddhiste et anti-Syaku (bouddhiste). Le grand prêtre de Hoanji, Tatsue, reconstruisit le temple à son emplacement actuel en 1879. Cependant, il subit plus tard un autre désastre tragique : un violent bombardement aérien en mars 1945 le réduisit en cendres. Heureusement, les statues de Shokannon et de Kangiten survécurent à l’incendie, et Tatsue les fit reconstruire. Elles sont toujours visibles aujourd’hui.