Selon l'histoire du sanctuaire, celui-ci fut déplacé de Yamato sous le règne de l'empereur Sujin et nommé Daijingu. Doté d'un magnifique édifice, il fut détruit par un incendie durant la guerre d'Ōnin. Le seul miroir sacré subsistant fut restauré et le sanctuaire reconstruit. Le bâtiment principal, entièrement rebâti en 1612, est un sanctuaire à sept travées, une rareté au Japon, et un magnifique exemple d'architecture de style Momoyama. De par sa grande valeur historique, il fut classé Bien culturel important du Japon. Cependant, en 2008, juste avant le 400e anniversaire de sa reconstruction, il fut entièrement détruit par un incendie suspect. Le bâtiment actuel du sanctuaire fut achevé en 2011. Il s'agit d'une restauration fidèle du style architectural d'origine et de la riche décoration, réalisée grâce aux documents conservés et aux investigations menées après l'incendie. Ces travaux, qui durèrent plus de six mois, furent menés avec la collaboration des paroissiens et des fidèles.
Chaque année, le 17 octobre, lors de la fête d'automne, un rituel particulier appelé « Donji » est célébré : les habitants de chaque village forment une procession et offrent de la nourriture aux dieux. Ce rituel est inscrit au patrimoine culturel immatériel de la ville de Suita.