En 988, durant l'époque Heian, l'empereur Enyu (64e empereur) ordonna au moine Hoen du temple Enryaku-ji de construire le temple Toguzan Shoyoho-ji, un lieu de prière impérial. Cependant, il fut incendié lors de la bataille de Nanto Hokurei, ne laissant subsister que le pavillon Karindo. Plus tard, Shunen, un moine du temple Onjo-ji (également connu sous le nom de Mii-dera), visita le site et vénéra le Bouddha Amida, l'image principale du temple. En 1228, par décret impérial du 86e empereur Gohorikawa, le temple fut reconstruit et reçut le titre impérial de temple Shoyozan Kotoku-ji. Shunen entra alors dans l'école Senshu Nembutsu et devint disciple de saint Shinran, prenant le nom de Butsunenbo Shinjo. Le bâtiment principal actuel date d'environ 250 ans, et la porte de montagne d'environ 270 ans. Le nom Karindo Obata proviendrait du pavillon Karindo.