Le musée a rouvert ses portes en août 2007, occupant le bâtiment Machikaneyama Shugakukan, achevé en 1931. Son concept de « musée interactif » met en lumière les liens entre la recherche et les traditions de l'université et la société, à travers les échanges. Il abrite actuellement environ 600 spécimens académiques, dont le plus remarquable est l'un des plus grands fossiles de crocodile au monde. Ce crocodile, qui vivait à Osaka il y a environ 500 000 ans, a été mis au jour sur un chantier de construction du campus universitaire. Le deuxième étage présente des documents relatifs aux origines de l'université, Kaitokudo et Tekijuku. Kaitokudo, fondé par des habitants de la ville durant l'époque d'Edo, a joué un rôle essentiel dans la diffusion de la culture académique d'Osaka auprès du grand public. Tekijuku a été fondé par Ogata Koan, et de nombreux jeunes gens, dont Fukuzawa Yukichi, y ont étudié et ont contribué à façonner l'aube de la culture japonaise moderne. Sont également exposés le premier microscope électronique de fabrication japonaise, mis au point en 1939, et le premier modèle tridimensionnel d'une structure protéique réalisé par l'université à l'aide de rayons X. Ces pièces témoignent du rôle pionnier de l'université d'Osaka dans la recherche sur la lumière et les électrons. D'autres universités conservent plus de 1,6 million de spécimens scientifiques et prévoient de les ouvrir progressivement au public, tout en concevant de nouvelles méthodes de présentation.