Le musée, rénové et rouvert en août 2007, occupe le bâtiment d'étude Machikaneyama, achevé en 1931. Son concept de « musée interactif » vise à illustrer, par le biais de l'interaction, les liens entre la recherche, les traditions et la société de l'université. Environ 600 spécimens et documents académiques y sont actuellement exposés, dont l'un des plus grands fossiles de crocodile au monde. Ce fossile, qui vivait à Osaka il y a environ 420 000 ans, a été mis au jour sur le chantier de construction du campus. Au deuxième étage, sont présentés des documents relatifs à Kaitokudo et Tekijuku, les institutions fondatrices de l'université. Kaitokudo, fondée par des habitants de la ville durant l'époque d'Edo, a joué un rôle déterminant dans l'établissement du rayonnement intellectuel d'Osaka auprès du grand public. Tekijuku, fondée par Ogata Koan, a accueilli des jeunes gens qui ont contribué à l'essor de la culture japonaise moderne, tels que Fukuzawa Yukichi. Le musée expose également le premier microscope électronique de fabrication japonaise, développé en 1939, ainsi qu'une maquette tridimensionnelle de la première structure protéique du Japon, réalisée par l'université grâce aux rayons X. Ces pièces témoignent du rôle de pionnier joué par l'Université d'Osaka dans la recherche en optique et en électronique. D'autres universités conservent également plus de 1,6 million de spécimens et de matériels scientifiques et prévoient de les rendre progressivement accessibles au public, grâce à des méthodes d'exposition innovantes et d'autres dispositifs.