L'histoire du sanctuaire Ono remonte à une époque antérieure à Jésus-Christ, et il est également connu sous le nom d'Otakebi no Miya. On raconte qu'il a vu le jour lorsque l'esprit d'Itsuse no Mikoto fut vénéré à Hamamiya. Il fut ensuite déplacé à son emplacement actuel en 859(première année de l'ère Jōgan). Le sanctuaire était autrefois répertorié dans l'Engishiki, et la région autour de l'étang Futagoike voisin abrite les ruines d'Otokozato, suggérant qu'une population s'étendait autrefois sur un territoire assez vaste. Hamamiya est aujourd'hui un sanctuaire secondaire rattaché au sanctuaire Ono.