Le temple Shinganji fut fondé à la fin de l'époque Azuchi-Momoyama, durant l'ère Bunroku, sous le règne de Toyotomi Hideyoshi. Détruit après le siège d'hiver d'Osaka, il fut reconstruit en 1622 avec l'aide du clan Unno, ancêtres du clan Sanada, sur le site de leur camp du siège (Sanadamaru), en mémoire de Sanada Yukimura et de son fils Daisuke. C'est dans cette zone, aux alentours du temple Shinganji, que le célèbre général Sanada Yukimura (également connu sous le nom de Sanada Saemonsa Toyotomi Nobushige) fit construire le fort de Sanadamaru, au sud-est du château d'Osaka, sur le plateau de Kamimachi. À cet endroit, les forces de Toyotomi étaient vulnérables, et il utilisa ce fort pour se défendre contre l'ennemi durant le siège d'hiver. Par ailleurs, le temple acquit une plus grande notoriété après l'implication de plusieurs membres de la division de patrouille de Kyoto, dont Katsura Sanosuke, Watanabe Kichitaro et Takahashi Yasujiro, dans l'attaque d'Omiyaya à Kawaramachi, Kyoto, en 1867, au cours de laquelle Sakamoto Ryoma et Nakaoka Shintaro trouvèrent la mort. Des membres du Mimawarigumi participèrent également à la bataille de Toba-Fushimi et y périrent. Ils furent inhumés au temple Shinganji, où leurs tombes se trouvent encore aujourd'hui.