室町时代的文安年间 (1444年~1448年)，天台宗的巨刹“赤川寺”已在此地。院内有供奉大津日吉大社分灵的神社，称为“山王宫”。之后的大坂夏之阵，赤川寺在战火中燃烧，神社被烧毁，作为附近的氏族神被供奉。1868年更名为“日吉神社”。1899年 (1889年) 因为淀川扩张工程，院内北部被征用，将正殿向南迁移了200米，就成了现在的镇座地。7月的夏季大祭上，举行祭典、渡御 (渡)、御神乐、狮子舞。