虽然其创建日期不详，但它是一座古老的神社，被记载于《延喜记》（日本皇室古代事务记录簿）中。神社坐落于昔日镜宫山所在地，被尊为当地土地的守护神和淀川的守护神。神社最初由水手建造，祈求航行平安，免受洪水侵袭。据说在甲斐天皇在位期间，高冈神被供奉于伊加敷王命和伊加敷目命的府邸之中。意贺美神社档案中保存着数学祈愿牌（数学牌），这些祈愿牌经受了神佛的祝福，据说能为数学家带来进步。数学家岩田清阳曾在此地疗养，1861年，他为感谢神明保佑康复，向菅神社的前身——牛头天王神社供奉了一块牌匾。神社内还种植着约110棵梅树，因此被称为“伊上梅林”。