专科寺是在位于高石市的绫井城的城址上建立的。战国时代绫井城遭遇战火时，家臣中的一人背着阿弥陀如来逃出寺院。被敌人包围，和阿弥陀如来一起跳进了城堡的护城河里去世了。随着时间流逝，玄誉上人遵从梦的启示，从城堡的护城河发现了阿弥陀如来。供奉这个，在城址上建造了寺庙。出售的御城印上刻有寺庙的名字，是很罕见的东西。