1545年 (天文14年) 春天，这一带天花流行，虽然天花的病势一直没有停止，但由于这座神社祈祷的护身符发挥了作用，受到平民的敬仰。但是天正年间 (约400年前) 发生骚乱时，社房被烧毁。之后，三谷之庄内发生了各种争论，通过将庄内供奉的神明合祀，庄内得到了统一，争论平息，在现在的地方建造神殿，作为庄中的总社，这就是现在的种河神社的由来。春天这里约有100株樱花竞相盛开，全家前来游玩的游客络绎不绝。