昭和6年に竣工された待兼山修学館を利用して、平成19年8月にリニューアルオープン。博物館のコンセプトは｢交流型ミュージアム｣。交流を通じて大学の研究や伝統がどのように社会とリンクしているかを発信している。現在は約600点の学術標本資料が展示されており、中でも目玉は世界最大級の｢ワニの化石」。これは、約50万年前の大阪に生息していたもので、大学のキャンパス建築現場から出土されたもの。2階には大学のルーツである｢懐徳堂｣と｢適塾｣に関する資料を展示。懐徳堂は、江戸時代町人達の手で創設され、大阪の学問的土壌を広く一般市民にまで根付かせる役割を果たした。適塾は緒方洪庵が創設し、福沢諭吉をはじめとする日本の近代文化の黎明期を築いた若者達がここで学んだ。また、昭和14年に開発された国産第1号の電子顕微鏡の展示や、X線を使って大学が行った、わが国初のタンパク質の構造が立体的に模型で表現されている。これらの展示は、大阪大学が光と電子の研究で時代の最先端を走っていたことを証明している。その他大学では160万点を超える学術標本資料が保存されており、展示方法などを工夫しながら順次公開していく予定。