平安時代後期の宇多天皇の御宇（9世紀後半）この地に悪病が流行して多くの死者がでた時、「社殿を造り、牛頭天王をお祀りすれば悪病が治まる」というご神託がありました。この神様は、災厄、疫病を追い払うと言われていたことから早速お祀りしたところ、悪病はたちまちのうちに終息しました。ここに社殿を造り、牛頭天王社として祀ったのが起源とされます。その後、10世紀末に高槻城が築城され、牛頭天王社は高槻城城内守護として時の城主に崇敬をうけました。また、高山右近が高槻城主となったとき、右近はキリスト教を信仰していたため、高槻城内にあった当社の社殿を破壊し社領を没収しました。1619年（元和5年）、高槻城主松平紀伊守が社殿を再建しました。その後、野見宿禰命を合祀して「野見神社」に改称しました。