室町時代の文安年間（1444～1448年）、既にこの地に天台宗の巨刹「赤川寺（せきせんじ）」がありました。その境内に「山王宮」と称する大津の日吉大社の御分霊をお祀りする境内社がありました。その後の大坂夏の陣の際、赤川寺は戦火に炎上しましたが、神社は焼け残り、近隣の氏神様としてお祀りされてきました。明治元年に「日吉神社」に改称されます。明治32年（1889年）に淀川拡張工事のため境内北部が接収され、本殿を200m南に遷座されたのが現在の鎮座地になっています。7月の夏季大祭では、祭典・渡御（お渡り）・御神楽・獅子舞が行われます。