延暦6年（787）、桓武天皇が長岡京の南にあるこの地に郊祀壇（こうしだん）を設けて、父である光仁天皇を祀ったのが起源とされています。これは、中国の皇帝が毎年冬至に都の南に天壇を設けて、天帝を祀る例にならったものといわれています。本殿は一間社流造で、鎌倉時代の嘉禎4年（1238）と、室町時代の応永8年（1401）に修復されたものです。外観は鎌倉時代の様式を残し、蟇股（かえるまた）などの彫刻は繊細で美しく、隣に位置する末社の八幡神社本殿とともに、いずれも国の重要文化財です。交野天神社拝殿の奥、石段を上った先には、6世紀の頃に継体天皇が置いた樟葉宮跡とも伝えられる末社の貴船神社があります。