1545年（天文14年）春、このあたりに天然痘の病が流行し病勢はなかなか止まりませんでしたが、こちらの神社の祈祷（きとう）した護札の効力があったため、庶民の崇敬を集めました。しかし天正年間（約400年前）の騒乱の際に社房は焼失してしまいます。 その後、三谷之荘内に種々の争論が起こりましたが、荘内に祀ってある神々を合祀することにより、荘内がまとまり争論がおさまり、今の地に、社殿を建て荘中の総社としたのが今の種河神社の由来です。 春には約100本の桜がここに咲き乱れ、家族連れなどで賑わいます。