作為利用1931年建成的懷古式建築物改造而成的我國第八家國立大學博物館，於2002年開館。博物觀的方針是成為"交流型博物館"，對大學的研究和傳統如何透過交流與社會發生聯係進行宣傳。目前展示約600件學術標本資料，其中引人注目的展品是世界上最大的"鱷魚化石"，這是距今約50萬年前棲息在大阪的鱷魚，出土於大學校園的建築工地。二樓展示大學的前身"懷德堂"和"適塾"的相關資料。懷德堂是由江戶時代的市民們親手創辦的，起到了使大阪的求學之風扎根於廣大市民階層的作用。適塾是由緒方洪庵創辦的，福澤諭吉等構建了日本近代文化黎明期的一批青年人曾在這裡求學。此外，還展示於1939年開發的國產第1號電子顯微鏡，並用立體模型表現大學使用X光線拍攝的我國首個蛋白質結構。這些展示證明了大阪大學在光和電子的研究方面曾經走在時代的最前端。除此之外，大學還保存有超過160萬件學術標本資料，在講求展示方法等的同時，預定依次公開。