室町時代的文安年間 (1444年~1448年)，天臺宗的巨剎“赤川寺”已在此地。院內有供奉大津日吉大社分靈的神社，稱為“山王宮”。之後的大坂夏之陣，赤川寺在戰火中燃燒，神社被燒毀，作為附近的氏族神被供奉。1868年更名為“日吉神社”。1899年 (1889年) 因為澱川擴張工程，院內北部被徵用，將正殿向南遷移了200米，就成了現在的鎮座地。7月的夏季大祭上，舉行祭典、渡禦 (渡)、禦神樂、獅子舞。