專科寺是在位於高石市的綾井城的城阯上建立的。戰國時代綾井城遭遇戰火時，家臣中的一人背著阿彌陀如來逃出寺院。被敵人包圍，和阿彌陀如來一起跳進了城堡的護城河裡去世了。隨著時間流逝，玄譽上人遵從夢的啟示，從城堡的護城河發現了阿彌陀如來。供奉這個，在城阯上建造了寺廟。出售的禦城印上刻有寺廟的名字，是很罕見的東西。