1545年 (天文14年) 春天，這一帶天花流行，雖然天花的病勢一直沒有停止，但由於這座神社祈禱的護身符發揮了作用，受到平民的敬仰。但是天正年間 (約400年前) 發生騷亂時，社房被燒毀。之後，三穀之莊內發生了各種爭論，通過將莊內供奉的神明合祀，莊內得到了統一，爭論平息，在現在的地方建造神殿，作為莊中的總社，這就是現在的種河神社的由來。春天這裡約有100株櫻花競相盛開，全家前來遊玩的遊客絡繹不絕。