御鎮座は景行天皇43年（西暦113年）に遡る。延長5年（西暦927年）に完成した延喜式神名帳に記載された、霊験特に著しいといわれる名神大社。
約1900年前、日本武尊の御霊が八尋の白鳥となり飛びたった。白鳥は大和の琴引原、河内の古市に舞い降り、最後に降り立った地に日本武尊をお祀りしたのが当社の起源。
白鳥が舞い降りた際に一夜にして樹木が生い茂り白鳥が再び飛び立つことができなくなったという伝説が残り神域を「千種の杜」という。