วัดโดเมียวจิก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 594 (ปีที่สองในรัชสมัยจักรพรรดิซุยโกะ) โดยฮาจิ โนะ มุราจิ ยาชิมะ เพื่อเป็นวัดประจำตระกูล กล่าวกันว่ารูปปั้นหลัก คือ พระโพธิสัตว์คันนอนสิบเอ็ดเศียร สมบัติของชาติ แกะสลักด้วยมือโดยสุกะวาระ โนะ มิจิซาเนะ ระหว่างที่ท่านประทับอยู่ที่วัด ในปี ค.ศ. 901 (ปีแรกของยุคเอ็งงิ) มิจิซาเนะได้เดินทางมายังวัดแห่งนี้หลังจากถูกปลดประจำการไปยังเมืองดาไซฟุ และได้อำลาคาคุจูนิ ป้าของท่าน ซึ่งดำรงตำแหน่งหัวหน้านักบวชของวัด เหตุการณ์ทางประวัติศาสตร์นี้ปรากฏในบุนรากุ และละครคาบูกิเรื่อง "สุกะวาระ เด็นจู เทนาไร คากามิ" แป้งโดเมียวจิ ซึ่งเป็นส่วนผสมสำคัญของซากุระโมจิ (ขนมข้าวอบดอกซากุระ) มีต้นกำเนิดมาจากการที่มิจิซาเนะถูกปลดประจำการไปยังเมืองดาไซฟุ โดยคาคุจูนิจะนำส่วนที่เหลือจากเครื่องบูชาประจำวันไปตากแห้งและเก็บไว้เพื่อแบ่งปันให้กับผู้คนมากมาย หลังจากที่มิจิซาเนะเสียชีวิต ชื่อวัดก็เปลี่ยนเป็น "โดเมียวจิ" ตามชื่อปากกาของเขา "โดเมียว"