นอกจากอาคารหลักซึ่งได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นมรดกทางวัฒนธรรมที่สำคัญของญี่ปุ่นแล้ว ศาลเจ้าฟุนะโมริยังมีหอสักการะ หอถวายอาหารศักดิ์สิทธิ์ เวที และอาคารศาลเจ้าเคลื่อนที่ รายละเอียดการก่อตั้งศาลเจ้ายังไม่เป็นที่ทราบแน่ชัด ภายในบริเวณศาลเจ้ามีต้นการบูรรูปร่างแปลกตา ประกอบด้วยลำต้น 4 ลำต้นเชื่อมติดกัน ประดิษฐานเป็นต้นไม้ศักดิ์สิทธิ์ ต้นไม้ต้นนี้มีอายุประมาณ 800 ปี และได้รับการขึ้นทะเบียนเป็นอนุสรณ์สถานทางธรรมชาติประจำจังหวัด