วัดโฮราคุจิก่อตั้งขึ้นในปี ค.ศ. 1178 โดยไทระ ชิเงโมริ บุตรชายคนโตของไทระ คิโยโมริ หัวหน้าตระกูลไทระ กล่าวกันว่าชิเงโมริสร้างวัดนี้ขึ้นเพื่ออุทิศแด่ดวงวิญญาณของผู้เสียชีวิตในสงครามระหว่างกบฏโฮเง็นและกบฏเฮจิ ด้วยจิตวิญญาณแห่งความเท่าเทียมระหว่างมิตรและศัตรู และเพื่อประดิษฐานพระโพธิสัตว์เนียวอิริน คันนอน พระพุทธเจ้าประจำตัวของมินาโมโตะ โนะ ทาเมโทโมะ วัดแห่งนี้ถูกทำลายด้วยไฟในระหว่างการรบของโอดะ โนบุนางะในปี ค.ศ. 1571 แต่ได้รับการสร้างขึ้นใหม่ในช่วงกลางยุคเอโดะ โดยใช้พระราชวังของตระกูลโอดะแห่งแคว้นมัตสึยามะในยามาโตะ ณ ที่แห่งนี้เป็นที่ตั้งของห้องโถงใหญ่และประตูทางเข้าในปัจจุบัน วัดแห่งนี้ยังเป็นที่รู้จักในฐานะสถานที่ที่ Jion Sonja (พ.ศ. 2261-2347) ซึ่งได้รับการยกย่องว่าเป็น "พระศากยมุนีน้อยแห่งญี่ปุ่น" ศึกษาอักษรสันสกฤตและแสดงธรรมะ 10 ประการ (วิถีแห่งมนุษย์) และบวชเป็นพระภิกษุเมื่ออายุ 13 ปี ภายในบริเวณวัดมีพิพิธภัณฑ์อนุสรณ์ Kosaka Kiseki ซึ่งเก็บรักษาผลงานของ Kosaka Kiseki ผู้ล่วงลับ ซึ่งเป็นนักเขียนอักษรวิจิตรที่ได้รับรางวัล Imperial Prize จากสถาบันศิลปะญี่ปุ่น