ประวัติความเป็นมาของ ศาลเจ้าคาราคุนิ ย้อนกลับไปถึงรัชสมัยจักรพรรดิยูริยากุ (ปลายศตวรรษที่ 5) เมื่อโมโนโนเบะ โนะ เมะ โนะ โอมูระจิ ได้ประดิษฐานเทพเจ้าบรรพบุรุษของเขา นิกิฮายาฮิ โนะ มิโกโตะ ต่อมา โมโนโนเบะ โนะ คาราคุนิ โนะ มุราจิ สมาชิกราชวงศ์ ได้พิทักษ์ ศาลเจ้าคาราคุนิ และต่อมาได้ขนานนามว่า "ศาลเจ้าคาราคุนิ" ในสมัยมุโรมาจิ ฮาตาเกะยามะ โมโตคุนิ ผู้พิทักษ์ของคาวาจิ ได้บริจาคเงิน 200 โคกุ และประดิษฐานเทพเจ้าคาซูกะจากศาลเจ้าคาซูกะ ไทฉะ ในเมืองนารา ต่อมาในรัชสมัยของโอดะ โนบุนางะ ศาลเจ้าแห่งนี้ถูกไฟไหม้ในสงคราม และในปี ค.ศ. 1908 (เมจิ ค.ศ. 41) ศาลเจ้านากาโนะที่อยู่ใกล้เคียงก็ได้รับการประดิษฐานไว้ ณ ที่แห่งนี้เช่นกัน ด้วยเหตุนี้ เทพเจ้าทั้งสามองค์ที่ประดิษฐาน ณ ที่แห่งนี้ ได้แก่ นิกิฮายาฮิโนะมิโคโตะ บรรพบุรุษของตระกูลโมโนโนเบะ และเทพอาเมโนะโคยาเนะโนะมิโคโตะ และ ซูซาโนะโนะมิโคโตะ เทพแห่งคาสึงะ ทางเดินยาวสู่ศาลเจ้าปกคลุมไปด้วยต้นไม้ และได้รับการจัดให้อยู่ในรายชื่อ "100 สถานที่สีเขียวที่ดีที่สุด" ของจังหวัด