ชื่อ "มิกุคุรุมิตามะ" มาจากข้อเท็จจริงที่ว่าที่นี่เป็นที่ประดิษฐานของ "มิกุคุรุมิตามะ" เทพเจ้าผู้ควบคุมน้ำและแจกจ่ายน้ำจากภูเขาสู่ผืนแผ่นดิน ก่อตั้งโดยจักรพรรดิสุจิน และเป็นที่ประดิษฐานของ "โอคุนินูชิโนะมิโคโตะ" ด้านหลังศาลเจ้าหลักมีสุสานโบราณสี่แห่งตั้งอยู่บนภูเขา ถือเป็นภูเขาศักดิ์สิทธิ์ มีบันไดและเส้นทางบูชานำไปยังศาลเจ้าหลักซึ่งตั้งอยู่กึ่งกลางของภูเขา มีห้องบูชาชั้นล่างและชั้นบน และสามารถบูชาได้จากทั้งสองทาง เส้นทางบูชาอิจิโนมิยะ ซึ่งทอดยาวจากด้านข้างของห้องบูชาชั้นล่าง ล้อมรอบศาลเจ้าหลัก และมีสถานที่บูชาศาลเจ้าอิจิโนมิยะที่ตั้งอยู่ห่างไกลออกไปในแต่ละทิศทาง พร้อมกับต้นซากากิศักดิ์สิทธิ์ ตระกูลคุซูโนกิบูชาศาลเจ้ามิกุคุรามิตามะเป็นเทพผู้พิทักษ์ ร่วมกับศาลเจ้าคามิมิซึมิคุระ (ศาลเจ้าทาเคมิมิซึมิคุระ ตั้งอยู่ในหมู่บ้านชิฮายากาซากะ) เรียกศาลเจ้านี้ว่าศาลเจ้าชิโมมิมิซึมิคุระ และได้บริจาคที่ดินศักดิ์สิทธิ์และสร้างอาคารศาลเจ้าขึ้นมาด้วย