พิพิธภัณฑ์กษาปณ์ญี่ปุ่นสร้างขึ้นในปี พ.ศ. 2454 ในฐานะโรงไฟฟ้าพลังความร้อน และเป็นอาคารอิฐแบบตะวันตกเพียงแห่งเดียวจากยุคเมจิที่ยังหลงเหลืออยู่ในบริเวณสำนักงานกษาปณ์ญี่ปุ่น ในปี พ.ศ. 2512 อาคารแห่งนี้ได้รับการปรับปรุงใหม่โดยคงรูปลักษณ์ดั้งเดิมไว้ และเปิดทำการอีกครั้งในชื่อพิพิธภัณฑ์กษาปณ์ญี่ปุ่น โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อนำเหรียญกษาปณ์อันทรงคุณค่าและสิ่งของอื่นๆ ที่ทางการเก็บรักษาไว้มาจัดแสดงให้สาธารณชนได้เข้าชม และเพื่อแนะนำธุรกิจการผลิตกษาปณ์ให้สาธารณชนได้รู้จัก ในปี พ.ศ. 2551 พิพิธภัณฑ์แห่งนี้ได้รับการบูรณะครั้งใหญ่ โดยนำเทคนิคล่าสุดมาปรับใช้กับนิทรรศการและสิ่งอำนวยความสะดวกต่างๆ เพื่อให้ทุกคนเข้าถึงได้ง่ายขึ้น และเปิดให้บริการอีกครั้งในเดือนเมษายน พ.ศ. 2552