พิพิธภัณฑ์เปิดทำการอีกครั้งในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2550 ตั้งอยู่ที่อาคารมาจิคาเนะยามะ ชูงะกุคัง ซึ่งสร้างเสร็จในปี พ.ศ. 2474 แนวคิดของพิพิธภัณฑ์คือ "พิพิธภัณฑ์แบบอินเทอร์แอคทีฟ" แสดงให้เห็นถึงการเชื่อมโยงงานวิจัยและประเพณีของมหาวิทยาลัยกับสังคมผ่านการแลกเปลี่ยน ปัจจุบันมีการจัดแสดงตัวอย่างผลงานทางวิชาการประมาณ 600 ชิ้น โดยไฮไลท์คือฟอสซิลจระเข้ที่ใหญ่ที่สุดในโลก จระเข้ตัวนี้เคยอาศัยอยู่ในโอซาก้าเมื่อประมาณ 500,000 ปีก่อน และถูกขุดขึ้นมาจากพื้นที่ก่อสร้างของมหาวิทยาลัย ชั้นสองจัดแสดงวัสดุที่เกี่ยวข้องกับรากฐานของมหาวิทยาลัย ไคโทคุโด และเทคิจูกุ ไคโทคุโดก่อตั้งขึ้นโดยชาวเมืองในสมัยเอโดะ และมีบทบาทสำคัญในการเผยแพร่วัฒนธรรมทางวิชาการของโอซาก้าสู่สาธารณชน เทคิจูกุก่อตั้งโดยโอกาตะ โคอัน และเยาวชนจำนวนมาก รวมถึงฟูกุซาวะ ยูกิจิ ก็ได้ศึกษาที่นี่ ซึ่งต่อมาได้หล่อหลอมวัฒนธรรมญี่ปุ่นสมัยใหม่ นอกจากนี้ ยังมีการจัดแสดงกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนเครื่องแรกที่ผลิตในประเทศ ซึ่งพัฒนาขึ้นในปี พ.ศ. 2482 และแบบจำลองโครงสร้างโปรตีนสามมิติเครื่องแรกของญี่ปุ่น ซึ่งแสดงโดยมหาวิทยาลัยโดยใช้รังสีเอกซ์ นิทรรศการเหล่านี้พิสูจน์ให้เห็นว่ามหาวิทยาลัยโอซาก้าเป็นผู้นำด้านการวิจัยเกี่ยวกับแสงและอิเล็กตรอน มหาวิทยาลัยอื่นๆ มีตัวอย่างผลงานวิชาการที่เก็บรักษาไว้มากกว่า 1.6 ล้านชิ้น และกำลังมีแผนที่จะทยอยเปิดให้สาธารณชนเข้าชม พร้อมกับคิดค้นวิธีการจัดแสดงใหม่ๆ