พิพิธภัณฑ์แห่งนี้ ซึ่งได้รับการปรับปรุงและเปิดใหม่ในเดือนสิงหาคม พ.ศ. 2550 ใช้ประโยชน์จากอาคารศึกษามาจิคาเนะยามะ ซึ่งสร้างเสร็จในปี พ.ศ. 2474 แนวคิดของพิพิธภัณฑ์คือ "พิพิธภัณฑ์เชิงโต้ตอบ" ที่สื่อสารว่างานวิจัยและประเพณีของมหาวิทยาลัยเชื่อมโยงกับสังคมอย่างไรผ่านการมีปฏิสัมพันธ์ ปัจจุบัน มีตัวอย่างและวัสดุทางวิชาการจัดแสดงประมาณ 600 ชิ้น โดยไฮไลท์คือ "ฟอสซิลจระเข้" ที่ใหญ่ที่สุดในโลกชิ้นหนึ่ง ฟอสซิลนี้อาศัยอยู่ในโอซาก้าเมื่อประมาณ 420,000 ปีก่อน และถูกขุดพบในสถานที่ก่อสร้างของมหาวิทยาลัย บนชั้นสอง จัดแสดงวัสดุที่เกี่ยวข้องกับ "ไคโตคุโดะ" และ "เทกิจูกุ" ซึ่งเป็นรากฐานของมหาวิทยาลัย ไคโตคุโดะก่อตั้งโดยชาวเมืองในสมัยเอโดะและมีบทบาทในการวางรากฐานทางวิชาการของโอซาก้าในหมู่ประชาชนทั่วไป เทกิจูกุก่อตั้งโดยโอคาตะ โคอัน และเยาวชนผู้สร้างรุ่งอรุณของวัฒนธรรมญี่ปุ่นสมัยใหม่ รวมถึงฟุกุซาวะ ยูกิจิ เคยศึกษาที่นี่ นอกจากนี้ พิพิธภัณฑ์ยังจัดแสดงกล้องจุลทรรศน์อิเล็กตรอนที่ผลิตในประเทศเป็นครั้งแรก ซึ่งพัฒนาขึ้นในปี 1939 และแบบจำลองสามมิติของโครงสร้างโปรตีนชิ้นแรกของญี่ปุ่น ซึ่งสร้างขึ้นโดยมหาวิทยาลัยโดยใช้รังสีเอ็กซ์ สิ่งจัดแสดงเหล่านี้แสดงให้เห็นว่ามหาวิทยาลัยโอซาก้าเป็นผู้นำด้านการวิจัยเกี่ยวกับแสงและอิเล็กทรอนิกส์ มหาวิทยาลัยอื่นๆ ก็มีตัวอย่างและวัสดุทางวิชาการมากกว่า 1.6 ล้านชิ้นที่เก็บรักษาไว้ และวางแผนที่จะทยอยเปิดให้ประชาชนทั่วไปได้ชม โดยใช้วิธีการจัดแสดงที่ทันสมัยและคุณสมบัติอื่นๆ