ศาลเจ้าโอโนะมีประวัติความเป็นมาย้อนกลับไปก่อนคริสตกาล และรู้จักกันในชื่อโอทาเคบิ โนะ มิยะ กล่าวกันว่าศาลเจ้าแห่งนี้เริ่มต้นขึ้นเมื่อดวงวิญญาณของอิทสึเซะ โนะ มิโกโตะ ได้รับการประดิษฐานที่ฮามามิยะ ต่อมา ใน ปี ค.ศ. 859(ปีแรกของยุคโจกัง) ศาลเจ้าแห่งนี้เคยถูกบันทึกในบันทึกเอนกิชิกิ และบริเวณโดยรอบสระฟุตาโกะอิเกะที่อยู่ใกล้เคียงเป็นที่ตั้งของซากปรักหักพังโอโตโกะซาโตะ ซึ่งบ่งชี้ว่าผู้คนอาศัยอยู่ในพื้นที่ค่อนข้างกว้าง ปัจจุบันฮามามิยะเป็นศาลเจ้าย่อยของศาลเจ้าโอโนะ