ศาลเจ้าแห่งนี้มีประวัติศาสตร์ยาวนานย้อนไปถึงปีที่ 43 ของจักรพรรดิเคโก (ค.ศ. 113) ศาลเจ้าเมียวจินไทฉะแห่งนี้กล่าวกันว่ามีพลังมหัศจรรย์อันน่าทึ่ง และมีบันทึกอยู่ในเอนกิชิกิชินเมโจ ซึ่งเป็นรายชื่อศาลเจ้าชินโตที่สร้างเสร็จสมบูรณ์ในปีที่ 5 ของจักรพรรดิเอ็นโช (ค.ศ. 927)
ประมาณ 1,900 ปีก่อน ดวงวิญญาณของจักรพรรดิยามาโตะ ทาเครุ ได้แปลงร่างเป็นหงส์ขนาด 8 วา แล้วบินจากไป หงส์ได้ลงจอดที่โคโตฮิกิฮาระในยามาโตะ และฟุรุอิจิในคาวาจิ ศาลเจ้าแห่งนี้จึงถูกสร้างขึ้น ณ สถานที่ที่จักรพรรดิยามาโตะ ทาเครุ เสด็จขึ้นฝั่งในที่สุด อันเป็นที่มาของศาลเจ้าแห่งนี้
ตำนานเล่าขานกันว่าเมื่อหงส์ลงมา ต้นไม้ก็เติบโตขึ้นในชั่วข้ามคืน และหงส์ก็ไม่สามารถบินได้อีก นี่จึงเป็นเหตุผลว่าทำไมพื้นที่ศักดิ์สิทธิ์แห่งนี้จึงถูกเรียกว่า "ชิกุสะ โนะ โมริ"