ศาลเจ้าแห่งนี้รู้จักกันในชื่อศาลเจ้าคุมาโนะ เนื่องจากเป็นสถานที่แสวงบุญสำหรับผู้ที่มุ่งหน้าไปยังคุมาโนะในคิชูผ่านถนนอะมะโนะไคโด ในอดีตกาลมีทฤษฎีว่าศาสนาชินโตและศาสนาพุทธเป็นหนึ่งเดียวกัน และเคยมีช่วงเวลาหนึ่งที่เทพเจ้าและพระโพธิสัตว์ประดิษฐานอยู่ในสถานที่เดียวกัน ศาลเจ้าซันโตมีประวัติอันลึกลับเนื่องมาจากความเชื่อนี้ ตามตำนานเล่าว่าศาลเจ้าแห่งนี้ก่อตั้งขึ้นในศตวรรษที่ 7 และครั้งหนึ่งเคยถูกไฟไหม้ในสงคราม แต่ได้รับการสร้างขึ้นใหม่ภายในวัดคอนโซจิในศตวรรษที่ 16 โดยพระภิกษุนามไทคัง ต่อมาในช่วงที่ศาสนาชินโตและศาสนาพุทธแยกออกจากกันในสมัยเมจิ ศาลเจ้าแห่งนี้ยังคงหลงเหลืออยู่ ขณะที่วัดคอนโซจิได้สูญสิ้นไป