วัดชิงกันจิก่อตั้งขึ้นในช่วงปลายยุคอะซึจิ-โมโมยามะ ในยุคบุนโรคุ ภายใต้การปกครองของโทโยโทมิ ฮิเดโยชิ อย่างไรก็ตาม วัดแห่งนี้ถูกทำลายลงหลังจากการปิดล้อมโอซาก้าในช่วงฤดูหนาว และได้รับการสร้างขึ้นใหม่ในปี ค.ศ. 1622 ด้วยความช่วยเหลือจากตระกูลอุนโนะ บรรพบุรุษของตระกูลซานาดะ บนพื้นที่ค่ายโอซากะฤดูหนาว (ซานาดามารุ) เพื่อเป็นอนุสรณ์แก่ซานาดะ ยูคิมูระ และไดสุเกะ บุตรชายของเขา พื้นที่รอบวัดชิงกันจิเป็นที่ที่นายพลซานาดะ ยูคิมูระ (หรือที่รู้จักกันในชื่อซานาดะ ซาเอมอนสะ โทโยโทมิ โนบุชิเงะ) ผู้มีชื่อเสียง ได้สร้างป้อมปราการชื่อซานาดามารุ ทางตะวันออกเฉียงใต้ของปราสาทโอซาก้า บนที่ราบสูงคามิมาจิ ซึ่งเป็นสถานที่ที่กองกำลังโทโยโทมิถูกโจมตีอย่างไม่ระวัง และได้ใช้ป้อมปราการนี้เพื่อป้องกันข้าศึกในช่วงการปิดล้อมฤดูหนาว ยิ่งไปกว่านั้น วัดแห่งนี้ได้รับความสนใจมากขึ้นหลังจากที่สมาชิกหลายคนของหน่วยลาดตระเวนเกียวโต รวมถึงคัตสึระ ซาโนะสึเกะ, วาตานาเบะ คิจิทาโร่ และทาคาฮาชิ ยาสุจิโร ได้เข้าไปเกี่ยวข้องในการโจมตีบ้านโอมิยะในคาวารามาจิ จังหวัดเกียวโต ในปี ค.ศ. 1867 ซึ่งส่งผลให้ซากาโมโตะ เรียวมะ และนากาโอกะ ชินทาโร่ ถูกลอบสังหาร สมาชิกของกลุ่มมิมาวาริงุมิยังเข้าร่วมในยุทธการโทบะ-ฟูชิมิ และเสียชีวิตในการรบ พวกเขาถูกฝังไว้ที่วัดชิงกันจิ ซึ่งหลุมศพของพวกเขายังคงหลงเหลืออยู่