ในปี ค.ศ. 1596 เคียวเนียว เจ้าอาวาสองค์ที่ 12 แห่งวัดฮงกันจิ ได้สร้างวัดโอตานิฮงกันจิขึ้นที่เมืองวาตานาเบะ และในปี ค.ศ. 1598 วัดแห่งนี้จึงได้ย้ายมาตั้ง ณ ที่ตั้งปัจจุบัน เดิมทีวัดแห่งนี้เป็นวัดหลักของนิกายชินชูสายโอตานิ จนกระทั่งในปี ค.ศ. 1594 วัดฮิงาชิฮงกันจิถูกสร้างในเกียวโต ต่อมาในปี ค.ศ. 1945 วัดแห่งนี้ถูกไฟไหม้ทำลาย และได้รับการบูรณะขึ้นใหม่ในปี ค.ศ. 1961 ภายในบริเวณวัดมีอนุสาวรีย์จารึกบทกวีสุดท้ายของมัตสึโอะ บะโช อนุสรณ์สถานนี้ประกอบกับสึมุระเบ็ตสึอิน (วัดสาขาของคิตะมิโดะและนิชิฮงกันจิ) จึงเป็นที่มาของชื่อมิโดสึจิ