ตามบันทึกทางประวัติศาสตร์ ศาลเจ้ายาเออิก่อตั้งขึ้นในยุคบุนโรคุ (ค.ศ. 1592-1595) โดยมีการย้ายสาขาของเทพเจ้ามาจากศาลเจ้าคุมาโนะ อดีตศาลเจ้าแห่งชาติในเขตยัตสึกะ จังหวัดชิมาเนะ (เดิมคือจังหวัดอิซุโมะ เขตอิโอะ) และได้รับการสักการะ ณ ที่แห่งนี้ นับตั้งแต่ก่อตั้งขึ้น ศาลเจ้าแห่งนี้ได้รับการเคารพนับถืออย่างสูงในฐานะเทพเจ้าผู้พิทักษ์หมู่บ้านคิโนะในอดีต โดยมีการสร้างแท่นบูชาและประกอบพิธีกรรมต่างๆ ขึ้น ณ ที่แห่งนี้ ในปี ค.ศ. 1872 ศาลเจ้าแห่งนี้ได้รับการสถาปนาให้เป็นศาลเจ้าประจำหมู่บ้าน โดยมีพระสงฆ์ได้รับแต่งตั้งให้เป็นผู้ประกอบพิธีกรรม ชื่อของศาลเจ้าจึงถูกเปลี่ยนชื่อเป็นศาลเจ้ายาเออิในสมัยนั้น เทศกาลฤดูร้อนซึ่งจัดขึ้นในเดือนกรกฎาคม ประกอบด้วยขบวนแห่ โดยมีศาลเจ้าเคลื่อนที่และเกี้ยวหงส์เป็นศูนย์กลาง ขบวนแห่ประกอบด้วยหัวหน้านักบวช ซารุตะฮิโกะ พระสงฆ์ สตรีในศาลเจ้า ผู้พิพากษา และนักเชิดสิงโตเด็ก และขบวนแห่จะวนรอบบริเวณศาลเจ้าอย่างทั่วถึง นอกจากนี้ยังมีขบวนแห่รถแห่บนถนนอพยพ ดึงดูดผู้ชมได้หลายหมื่นคนทุกปี